De regreso a Madrid, comenzó a trabajar en la Oficina de Bienes Nacionales, pero por poco tiempo.
Data de esa época, el amor profundo y fugaz con Julia Espín, hija de un profesor del Conservatorio y organista del palacio real. Se dice que muchas de sus rimas la tienen como inspiradora, y le legó su nombre (Julia) a su sobrina, hija de Valeriano.

Fue con Casta, hija de su médico, Francisco Esteban, con quien Bécquer se casó en 1861, y con quien tuvo sus tres hijos. Sin embargo, el último de ellos fue fuente de conflictos matrimoniales, ya que Gustavo lo atribuía al fruto de un amor prohibido de su esposa.

Fue redactor del diario “El Contemporáneo”, Censor de Novelas, pero nunca participó en la vida pública o política. La fama no lo acompañó durante su vida. Tenía pocos amigos. Era serio, bondadoso, poco expresivo, le gustaba la música y admiraba a Chopen.

Su obra es muy reducida, sencilla, cálida, sentimental y depurada. La componen sus célebres “Rimas”, conjunto de 94 poemas breves, 25 leyendas y sus nueve cartas literarias con el título “Desde mi Celda”.

Si bien su fama se debió a sus versos, también sus prosas fueron magníficas. En las leyendas, cautiva al lector mostrándole un mundo fantástico, que lo atrapa hasta el final. No trató de dejar enseñanzas morales, ni se ató a la lógica, sino que dejó fluir su imaginación y sus sentimientos, típico de los autores románticos. Algunas pertenecen al género gótico o de terror, otras, son verdaderas poesías, escritas en prosa, y otras son narraciones de aventuras. En ellas se destacó su admiración por la naturaleza y los paisajes castellanos.

Inauguró, junto a Rosalía de Castro, la línea moderna española, y fue así reconocido por autores prestigiosos como Miguel de Unamuno, los hermanos Antonio y Manuel Machado, Juan Ramón Jiménez, Rafael Alberti, Federico García Lorca, entre otros.

Se destacan entre sus obras: “El libro de los gorriones”, “Historia de los templos de España” (1857), “Cartas literarias a una mujer” (1860-1861), “Cartas desde mi celda” (1864), “Obras completas” (1871).
Entre sus leyendas: “El caudillo de las manos rojas” (1858), “La cruz del diablo” (1860, “La ajorca de oro” (1861), “El beso” (1863), “La rosa de pasión” (1864), entre otras.

Sus afamadas rimas fueron escritas en 1867, pero perdió el manuscrito durante la Revolución de 1868. Lo reconstruyó casi de memoria, y con la ayuda de algunas que habían sido publicadas en los periódicos de la época. Le dio el título de “El libro de los gorriones” y es conservada en la Biblioteca Nacional de Madrid. En ellas se entrecruzan en versos asonantes, los recuerdos, el amor, el desengaño, la desesperanza y la muerte.

Su vida se apagó en Toledo, aquejado por una enfermedad que lo acompañaba desde 1858, el 22 de diciembre de 1870, en plena juventud (34 años), meses después de la física desaparición de su hermano, que había fallecido en septiembre.

Entre sus últimos deseos, solicitó a su amigo, el poeta Ferrán, que quemase sus cartas personales, para impedir su deshonra, y que publicasen sus versos. Opinó que “muerto seré más reconocido que vivo”, y su premonición se cumplió.

Los restos de ambos hermanos yacen en Sevilla, donde fueron trasladados en 1913.